دبیر شورای عالی و رئیس مرکز ملی فضای مجازی کشور طی حکمی مجتبی جعفری را به سمت قائم مقام و معاون امنیت مرکز ملی فضای مجازی کشور منصوب کرد.
جعفری در دوره قبل شورای عالی فضای مجازی کشور، مشاور رئیس مرکز و مجری طرح "تدوین معماری جمهوری اسلامی در فضای مجازی" بوده است.
وی همچنین علاوه بر فعالیت های علمی و آموزشی در این حوزه، فعالیت های پژوهشی خود را با تاسیس و مدیریت پژوهشکده های امنیت فناوری اطلاعات و ارتباطات در مرکز تحقیقات مخابرات ایران و مرکز پژوهش امنیت سامانه های رایانه ای (یاس) آغاز کرده و در حوزه های اجرایی نیز مراکز فناوری اطلاعات ریاست جمهوری و مدیریت راهبردی افتا را تاسیس و تکمیل شبکه اختصاصی دولت را مدیریت کرده است.
از دیگر فعالیت های وی، مدیریت تدوین اسناد راهبرد امنیت فضای تولید و تبادل اطلاعات (افتا)، راهبرد ملی توسعه دولت الکترونیک و نظام ملی مقابله با حوادث رایانه ای بوده است.