ابوالحسن بنی صدر، رئیس جمهور مخلوع ایران، در مصاحبه ای اذعان کرد که برخورد رهبر معظم انقلاب با جریان فتنه همانند رفتار امام خمینی رحمة الله علیه با او و حامیانش (که مجاهدین خلق اصلی ترین آنها بودند) بوده است.
به گزارش گرداب به نقل از جهان، بنی صدر در گفت وگو با دویچه وله گفت که آقای خامنه ای در خرداد ۸۸ عین حرف‌های آقای خمینی در خرداد ۶۰ را زد. وی البته ادعا کرد که سخنان امام راحل در خرداد ۶۰ علیه حامیان او که اغلب مجاهدین خلق و توده ای‌ها بودند، خشونت آمیز بوده و "همین حرف‌ها را آقای خامنه‌ای به بیان دیگر در خرداد ۸۸ زده است."
امام راحل در ۲۰ خرداد ۱۳۶۰ بنی‌صدر را از فرماندهی کل نیروهای مسلح عزل کردند، با این حال سه روز بعد طی یک سخنرانی خطاب به وی عنوان کردند: «حالا هم دیر نشده... آن آقا هم بروند عذرخواهى کنند از ملت؛ بگویند ملتى که به من رأى داد من مطابق رأى آنها عمل نکردم؛ از حالا به بعد مىکنم... الآن هم من نصیحت مىکنم... آقاى رئیس جمهور را... که آقا شماها دست بردارید از این سنگاندازى جلوى چرخ اسلام؛ دست بردارید از این تضعیف مجلس و تضعیف روحانیت و تضعیف ملت و تضعیف روحیه ملت و تضعیف روحیه ارتش.»
بنی صدر هرگز ابراز پشیمانی نکرد تا اینکه سرانجام در تاریخ ۱ تیر ۱۳۶۰ و در پی اعلام نظر مجلس -که طی روزهای ۳۰ و ۳۱ خرداد که بر عدم کفایت سیاسی رئیس‌جمهور رأی داده بودند- امام، بنی‌صدر را از سمت ریاست جمهوری عزل کردند.
با این وجود امام راحل بار دیگر به بنی‌صدر توصیه کردند که توبه کند و مبادا در دام گروه‌های خارج از کشور بیفتد، زیرا به نفع او نیست.
نسخه ملایم همین توصیه ها را رهبر معظم انقلاب در ۲۹ خرداد ۸۸ به سران جریان فتنه کردند و از آنان خواستند که به رای مردم و قانون احترام بگذارند و از آشوب طلبی پرهیز کنند که عاقبت این راه خطرناک است، اما آنان همانند بنی صدر به این توصیه های دلسوازنه گوش نکردند.