امام خامنه‌ای فرمودند: «امام جمعه استان یزد در منصب امامت جمعه فعالیت‌های فراوان و شایان تقدیر داشته و خدمات ارزشمندی به مردم مؤمن و انقلابی آن استان تقدیم کرده است و انشاءالله مایه جلب رحمت پروردگار به روان ایشان خواهد بود.»
به گزارش گرداب به نقل از پایگاه اطلاع رسانی دفتر مقام معظم رهبری، حضرت آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی درگذشت جناب حجت‌الاسلام آقای "حاج شیخ محمدعلی صدوقی"، امام جمعه یزد را تسلیت گفتند. متن پیام به این شرح است:«بسم الله الرحمن الرحیم
با تأسف و تأثر اطلاع یافتیم كه جناب حجة‌الاسلام آقای حاج شیخ محمدعلی صدوقی امام جمعه یزد و نماینده اینجانب در آن استان دار فانی را وداع گفته و یاران و كسان خود را داغدار ساخته است. رحمت و رضوان الهی بر او باد.
ایشان در منصب امامت جمعه فعالیت‌های فراوان و شایان تقدیر داشته و خدمات ارزشمندی به مردم مؤمن و انقلابی آن استان تقدیم کرده است و انشاءالله مایه جلب رحمت پروردگار به روان ایشان خواهد بود.
اینجانب این مصیبت را به خانواده و بازماندگان آن مرحوم و نیز به جامعه روحانیت یزد و عموم مردم با ایمان و وفادار آن سامان تسلیت عرض می‌كنم و برای خاندان گرامی صدوقی و دیگر بازماندگان صبر جمیل و اجر جزیل مسئلت می‌كنم و به روح شهید آیت‌الله صدوقی كه این روزها مصادف با سالگرد شهادت ایشان است، درود می‌فرستم.
سیدعلی خامنه‌ای
11/تیرماه/1390»